Em diversos estudos sobre programas de substituição com metadona, verificaram-se diversos efeitos secundários atribuíveis à administração deste substituto opiáceo: o aumento/diminuição de peso, acne, suores, obstipação, cãibras, espasmos musculares, queda de cabelo, infecções urinárias, nervosismo, ansiedade, perda de memória, dores no corpo, letargia.
Os sintomas variam conforme o indivíduo. Alguns experenciam apenas um ou dois destes sintomas, outros, muitos deles.
Efeitos físicos
A alteração física mais comum atribuída à metadona é a flutuação de peso. Os pacientes que perdem peso logo no início da administração da metadona dizem que o facto se deve a problemas de estômago causados pela composição química da metadona. Após a fase de habituação, geralmente, ganham muito peso. Uma vida mais sedentária e a recuperação do apetite estão também por detrás deste efeito.
Problemas dentários também são queixas frequentes das pessoas na fase inicial de um programa de metadona. Mas muitos médicos chegaram à conclusão que esse é um efeito tardio de muitos anos de abuso de heroína.
A metadona também é conhecida por o seu efeito sedativo. A letargia apodera-se do corpo e torna as pessoas mais calmas. Sonolência é outro dos efeitos colaterais do uso da metadona.
Efeitos psicológicos
As pessoas quando se iniciam em programas de metadona queixam-se frequentemente de instabilidade emocional. Embora a saída do modo de vida caótico da heroína seja um enorme alívio, muitas pessoas chamaram à atenção para o facto de a metadona também causar irratibilidade, nervosismo e tensão.
Não se deve esquecer que a adição do corpo humano à heroína é total: é física, mental e espiritual. As mazelas corporais deixadas por muitos anos de consumo de heroína, só aparecem quando os toxicodependentes a deixam de consumir. A heroína tem um efeito analgésico, nada se sente. Passada a fase de habituação à metadona os toxicodependentes sofrem mais porque ela não faz nada pela dor.